La pesquería de la merluza común (Merluccius gayi gayi) se mantiene en un estado biológico crítico, acumulando más de una década sin mostrar señales de mejoría. Según el Comité Científico Técnico (CCT) de Recursos Demersales Centro Sur, el recurso seguirá bajo la categoría de "sobreexplotado" durante 2026, lo que ha obligado a recomendar una reducción en la cuota de pesca, pasando de 35.020 toneladas en 2025 a 29.703 para el presente año. Esta tendencia negativa, que el Instituto de Fomento Pesquero (IFOP) viene observando desde 2022, se manifiesta también en un descenso en el tamaño de los ejemplares capturados, lo que pone en riesgo la viabilidad biológica y económica de la especie a largo plazo.

La disminución de las cuotas representa un desafío significativo para la estabilidad del sector. César Astete, director de las campañas de pesca de Oceana en Chile, señaló que "este gobierno inició con una cuota de 40 mil toneladas y nos deja con un máximo de 29 mil toneladas. En cuatro años retrocedimos en un 27,5% aproximadamente". A pesar de que se han propuesto medidas administrativas como la extensión gradual de la veda o la protección de caladeros artesanales, estas aún no se han implementado, dejando en una posición vulnerable a las miles de familias que dependen de esta actividad.

Desde el sector artesanal, la preocupación se centra en la eficacia de la gestión institucional. Omar Méndez, presidente del Sindicato de Pescadores Artesanales de Cocholgüe, manifestó que "Las decisiones sobre la merluza común de la Subsecretaría de Pesca han sido para favorecer a un sector y no para recuperar la especie, es la institucionalidad la principal culpable de esta crisis, lo cual ha trascendido a distintos gobiernos". Asimismo, el dirigente cuestionó que, a pesar de contar con décadas de estudios científicos, el recurso continúe en decadencia. Esta desconfianza hacia la gestión centralizada y la preocupación por el agotamiento de los recursos guarda una estrecha relación con las recientes tensiones en la Región de Aysén, donde el sector pesquero local ha exigido mayores resguardos para la merluza austral y un manejo más estricto de las zonas contiguas para evitar el colapso de sus propios recursos.

Es importante destacar que, si bien los datos de las fuentes se centran en la merluza común de la zona centro-sur, la problemática de la sostenibilidad es un eje central en la discusión pesquera actual de Aysén. La necesidad de proteger la biomasa frente a la presión extractiva y asegurar el futuro de la pesca artesanal son temas que conectan ambas realidades territoriales.